De tre makreller i Aabenraas byvåben fortæller om et fiskerleje, der i 17 - 1800 tallet udviklede sig til en skibs- og søfartsby. aabenraa skibe sejlede over hele kloden og hjembragte særprægede skikke og rigdom fra specielt østen, hvilket bl. a ses af byens mange smukke huse fra perioden 1730 - 1800 samt de store kaptajns gårde på halvøen Løjtland samt Søfartsmuseet i Aabenraa.  Efter krigen i 1864 blev Aabenraa som det øvrige Sønderjylland overtaget af Østrig og Preussen og efter 1866 som del af en provins i Preussen. Aabenraa formåede ikke som Flensborg at omstille skibsværfterne til at bygge dampskibe, og udviklingen stagnerede. Byen fik en navigationsskole og i 1901 en smalsporet jernbaneforbindelse til Rødekro.

Aabenraa var gennem perioden Nordslesvigs centrum for de nationale spændinger mellem dansk og tysk. I 1900 købte Sprogforeningen ved Haderslevvej og gjorde den til et dansk forsamlingshus under navnet "Folkehjem".

Ved folkeafstemningen i 1920 stemte 55% for et tilhørsforhold til Tyskland, men da det var slutresultatet for hele zonen, der var gældende, kom Aabenraa som det øvrige Sønderjylland tilbage til Danmark. Aabenraa var i mellemkrigsårene centrum for det tyske mindretal i Nordslesvig.

En ny tysk avis, Der Nordschleswiger 1946, en tysk privatskole og et bibliotek blev oprettet i 1947 og en børnehave i 1956. I 1925 blev havnen udvidet med 450 meter kaj og et kraftværk Sønderjyllands Højspændingsværk, og det betød med øget trafik i 1930'erne beskæftigelse for mange arbejdere. Der er i dag en mangeartet industri lige fra Marcussens Orgelbyggeri til Callesens Maskinfabrik.