Danmarks almindelige pattedyr kan man møde i de fleste af regionens skove. Rådyr ses næsten overalt, og er kendt og værdsat af mange skovgæster. Dådyr ses af og til i plantagerne og i Gråstenskovene. Nogle af dem er sikkert undslupne dyr fra hjortefarme. Ræve, grævlinge, egern og mårer ses i de fleste større skove. Mink fra Nordamerika breder sig for tiden i Danmark, og de findes på mange arealer nær fersk- og havvand. Regionens naturområder rummer et rigt fugleliv med mange karakteristiske og adskillige sjældne fuglearter, f.eks. i fuglereservatet ”Trillen” på Sydals.

Også mange padder er at finde. Ud over de almindelige arter, skal især løvfrøen og bjergsalamanderen nævnes. Begge lever flere steder på skovdistriktet. Løvfrøen er en lille græsgrøn fætter, der kan klatre i buske og har en imponerende kraftig stemme.

Nogle af Danmarks største og tætteste bestande lever i Fjordmosen i Nørreskoven, på Arnkil og i Sønderskoven på Als. Bjegsalamanderen ligner en lille vandsalamander en hel del, men den er speciel ved, at dens udbredelse i Danmark ligger langt fra bjergområderne sydpå i Europa, hvor den hører hjemme.